Tapybos ir grafikos rinkinį sudaro virš 150 tapybos ir 100 grafikos darbų. Seniausi šio rinkinio eksponatai - XVIII a., XIX a. sukurtos ikonos. Ikonos, esančios muziejaus rinkinyje, atspindi katalikiškas ir provoslaviškas ikonų vaizdavimo tradicijas. Naujųjų laikų ankstyviesiems rinkinio darbams priskiriami Algimanto Vitolio Trušio tapybos darbai - „Smutkeliai“ (1965), „Papilės bažnyčia“ (1968), Algimanto Pakeliūno „Kauno senamiestis: katedra“ (1967), Eduardo Juchnevičiaus „Dialogas“ (1967). Tapybos rinkinys platus žanrų, stilistikų, koloristinės tapybos įvairove. Kūriniai priskiriami realistinio, abstrakcionistinio, impresionistinio, fotorealistinio vaizdavimo būdams. Tapybos ir grafikos darbai apima ne tik angelų ikonografijos ir simbolikos vaizdavimą dailėje, bet ir atspindi platesnį sakraliojo meno spektrą (sakraliąją architektūrą, senųjų skulptūrų vaizdavimą). A.V. Trušio tapybos, pastelės ir akvarelės rinkinys išsiskiria gausa (virš 40 kūrinių). Tapybos rinkinyje saugomi žymių tapybos klasikų kūriniai: Aloyzo Stasiulevičiaus, Mikalojaus Povilo Vilučio (apdovanotas Nacionaline kultūros ir meno premija), Nijolės Vilutienės, Viliaus Ksavero Slavinsko, Leonardo Černiausko, Aldonos Barščiauskaitės Višinskienės ir kitų. Senesnės tapytojų kartos kuriamą dailės panoramą puikiai papildo jaunesnės kartos, jau plačiai žinomų ir nusipelniusių tapytojų darbai: Vitos Žabarauskaitės, Gintaro Palemono Janonio, Arvydo Bagdono, Laimono Šmergelio, Artūro Braziūno, Lino Grybės, Dovilės Bilkštienės, Birutės Kuicienės ir kitų. Grafikos darbų rinkinys išsiskiria stilių, grafikos darbų atlikimo technikų (lino raižinys, medžio raižinys, ofortas, akvatinta, šilkografija) įvairove. Viktorijos Daniliauskaitės grafikos darbų rinkinys iš kitų išsiskiria savo gausa (virš 50 darbų). Grafikos rinkinyje saugomi žymių grafikos klasikų ir jaunesnės kartos kūrėjų darbai: Mikalojaus Povilo Vilučio, Algimanto Pakeliūno, Eduardo Juchnevičiaus, Virginijos Kalinauskaitės, Editos Suchockytės, Aušros Čapskytės Šarauskienės, Vitos Žabarauskaitės ir kitų.